民国二十三年（一九三四年），正果二十二岁，于成都文殊院受具足戒，之后到重庆华严寺，进入该寺所设的「天台教理院」受学，学习《天台教观》。民国二十五年（一九三六年），考入重庆北碚的「汉藏教理院」。初入本科，民国二十九年（一九四〇年）毕业，继而升入研究班受学两年，民国三十一年（一九四二年）毕业。在校六年，先后受学于法尊、法舫、印顺、雪松等名师。他曾依法尊法师学《菩提道次第广论》、听法舫法师讲《俱舍论》，以及听雪松法师讲《阿含经》，于佛学扎下坚实的根基。他以在院时成绩优良，戒行端正，毕业后为院长法尊法师所留，聘他在学院任教。民国三十四年（一九四五年），抗战胜利，外省籍教师都复员还乡，汉藏教理院的重担，就落在法尊与正果两个人身上。法尊对正果十分倚重，请他担任教务主任，主持教务工作。

 

　　民国三十五年（一九四六年），太虚大师离开重庆复员返都，在南京负起整理中国佛教的责任。民国三十六年（一九四七年）三月，在上海玉佛寺以脑溢血逝世，使重庆的汉藏教理院受到极大的震撼。因为太虚大师的示寂，教理院失去了支持，全院责任落在法尊法师和正果身上。他二人除了维持教学外，当时以内战期间，局势混乱，物价飞涨，维持一个上百人的僧侣学院，真是艰难万分。民国三十八年（一九四九年），国共内战蔓延到西南，院内有些人主张把学院迁到海外，正果与法尊法师力排众议，把学院留下来。

 

　　一九四九年十一月中华人民共和国成立，翌年法尊法师应邀到北京，主持设在北海公园内的「菩提学会」。年馀后正果也应邀到京，与法尊法师同在菩提学会，主持藏文经典的翻译工作。而重庆的汉藏教理院，则交给西南军政委员会管理。一九五四年，中国佛教协会秘书长赵朴初居士，推荐正果法师到北京「三时学会」，担在研究室主任。北京的三时学会，成立于民国十六年（一九二七年），他的前身是「法相研究会」，创立人是韩清净、朱芾煌、陈善胜（后来出家法名净严）、徐森玉、饶风璜、韩哲武等居士。民国十六年（一九二七年），在法相研究会的基础上，改组为「三时学会」。成立之初，有会员百馀人，由韩清净当选为会长，朱芾煌当选为副会长。三时学会的内部组织，分为总务、研讲、修持、刻印四部。分工合作，推动会务。特别是在刻印经典这一方面，以在《金藏》中影印出的《宋藏遗珍》，线装本一百二十册，最为珍贵。