三教堂，踏上石阶进入院内，能清晰地看出庙宇的建筑规模及格局。这是一座佛、道、儒三教合一的道场，主殿原供奉的是“老子、圣人、佛”。“三教堂”的拱形门券上雕刻着卷草纹，柔顺流畅。西厢房砖结构硬山屋顶的下方刻有阴阳太极图，自然浑朴。
这座庙的精品，当数“三教堂”西北侧的四脚方柱石钟亭了。棱角规整的方石基座，稳稳地承载着古朴雄浑的石钟亭走过了近400年的历史。石柱、石顶、石额枋，这一根根、一块块硕大的石件，全部用整块石头雕凿而成，额枋上刻有字迹娟秀的钟亭记，钟亭的歇山顶部刻“合瓦屋面”，雕花草文饰，线条优美，畅若行云。细细观察，额枋上隐隐约约能够看出“大明天启四年”(公元1624年)字样。象如此完好无损的古石构钟亭，别说在济南，恐怕在全国也是不多见的。
上水庵最精制的建筑要数正殿了，正殿在院子的最北头，面阔三间，大殿通身采用精细石块垒砌而成。门前的两根石柱撑起整石雕成的厦顶，左右立柱上所刻对联字迹已分辨不全，横批“浩气凌云”依然荡溢着洒脱的大气。正殿的门、窗、厦檐及室内的佛龛均雕刻着精美的花纹，造型庄重严整，层次分明，简洁明快。
进入正殿看到，原本通畅的三开间大殿，已被后人打上隔墙，分成了正、侧两间，更让我们惊诧的是：用做侧门过梁的条石竟然是记载上水庵修记的碑石，碑文记载“大明成化一十四年重修上水庵……由上水阉道姑妙秀精勤修造殿宇……”等字样。
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